Fritz Lenz urodził się w Pflugrade na Pomorzu. Dzieciństwo spędził w Szczecinie. Podczas I wojny światowej był odpowiedzialny za higienę w obozie jenieckim Puchheim. Swoją pierwszą żonę Emmy Weitz poślubił w 1915 roku. Mieli trzech synów. Po ukończeniu studiów medycznych w Berlinie, w 1921 roku opublikował swoją pierwszą standardową pracę na temat »teorii rasowej«. Dwa lata później został pierwszym profesorem »higieny rasowej« w Niemczech. Jako taki był zaangażowany w »Ustawę o zapobieganiu dziedzicznie choremu potomstwu« oraz w konsultacje dotyczące »Ustawy o eutanazji« w czasach narodowego socjalizmu.
W 1929 roku poślubił swoją drugą żonę Klarę von Borries, z którą miał jeszcze dwoje dzieci. Dwóch z jego synów zostało profesorami matematyki i fizyki. Trzeci syn został genetykiem człowieka.
Po 1940 roku Lenz coraz bardziej się wycofywał i w 1944 roku przeniósł się do Münster. Od 1945 roku pracował jako profesor genetyki człowieka na Uniwersytecie w Getyndze. W 1949 roku został zdenazyfikowany jako »oczyszczony z zarzutów«, a w 1955 roku przeszedł na emeryturę. Aż do śmierci w Getyndze w 1976 roku był przekonany o nierówności »ras ludzkich«.
